Le 16 mars 1244, la forteresse de Montségur, dernier foyer de résistance cathare, tombe après six mois de siège.

La communauté Cathare qui y vit constitue l'un des derniers carrés d'hérétiques, véritable défi pour l'ordre religieux officiel. Montségur abrite des révoltés qui lancent des expéditions punitives en assassinant les moines inquisiteurs.

En mai 1243, le sénéchal de Carcassonne, Hugues des Arcis et l'archevêque Pierre Amiel de Narbonne lancent une expédition militaire pour assiéger la forteresse. Ses murs sont défendus par une garnison d'environ cent cinquante hommes commandés par Pierre Roger de Mirepoix, gendre du seigneur de Montségur. Outre les familles des seigneurs et des soldats, environ 200 Cathares sont abrités dans le château parmi lesquels l'évêque Bertrand Marty et le théologien Raymond Arguilher. Ravitaillés en secret par la population des alentours, les assiégés résistent pendant dix mois, repoussant tous les assauts, enterrant , dit-on, leur trésor, pour éviter qu'il ne tombe entre les mains des assiégeants. Ceux-ci réussissent à se porter jusqu'à la hauteur de la citadelle, bombardée par une puissante pierrière. Au début du printemps 1244, l'eau vient à manquer sans espoir d'être secouru.

Le 2 Mars 1244, Pierre Roger de Mirepoix accepte de discuter les modalités d'une reddition. Les assiégeants proposent aux hérétiques la vie sauve à condition qu'ils livrent la forteresse dans la quinzaine et qu' ils abjurent. La plupart des Cathares refusent et restent sur place jusqu'à l'ultimatum.

Le 16 Mars 1244, les portes du château s'ouvrent et « Après qu'ils eurent distribué tout ce qu'ils possédaient à ceux qui les avaient défendus durant dix mois, les parfaits de Montségur se jetèrent tous ensemble dans le bûcher préparé par les catholiques au pied de la montagne. En tout, deux cent vingt hommes et femmes périrent dans le brasier. Parmi eux se sacrifièrent des soldats de la garnison qui n'avaient pas voulu les abandonner. Très vite ce ne fut qu'un immense brasier, tandis que le Veni Creator, entonné de milliers de voix, couvrait les cris et les hurlements des victimes. On les fit passer des flammes terrestres dans celles de l'enfer . »  Dès lors ce lieu prit le nom de « Prat dels Cremats ». (le camp des brûlés). Morts pour la liberté de conscience, les cathares deviennent un symbole qui vit encore aujourd'hui et sont une épine dans le pied totalitaire de toutes les religions du monde et leurs pratiques dogmatiques.

Tournant politique et militaire, la reddition de cette place forte, qui abrite toute une chevalerie insoumise, marque la fin des espoirs du comte de Toulouse. C’était de Montségur qu’avec le commando d’Avignonet contre l’Inquisition, en mai 1242, était parti le signal qui devait soulever le pays au moment de la dernière guerre du comte contre la royauté française. Montségur rendu et ses derniers fidèles tombés, le comte de Toulouse ne tentera plus de redresser la tête.

Tournant dans l’histoire de l’Eglise aussi, la fin du catharisme, qui avait alors bien résisté à l’Inquisition, est désormais programmée. Les derniers bons hommes et toute une population de croyants cherchent refuge en Lombardie. L’Inquisition médiévale, tribunal ecclésiastique d'exception chargé de lutter contre les hérésies, est alors à son apogée, et jusqu’ici itinérante, elle s’installe à Carcassonne, Albi, Toulouse ... mais son activité va bientôt décliner, concurrencée par les juridictions nationales, et au XVe siècle, elle disparaitra.